En su imprenta patriótica, Nariño editó la Declaración de los Derechos del Hombre y del Ciudadano, extraída de la Revolución francesa, un documento prohibido por su carácter progresista y revolucionario.
A partir de entonces, Nariño, hijo de padres españoles y él mismo exfuncionario del Virreinato, se tuvo que dedicar a defenderse. Dos años después fue condenado a 30 años de prisión y enviado a Cádiz (España). No obstante, después de un año, seis meses y 17 días privado de la libertad, en un descuido de la guardia logró escaparse y transitó por Europa compartiendo el ideario de la Independencia hasta 1797, cuando volvió a Bogotá.
Como era de esperarse, no demoró en caer preso de nuevo. Y en ese estado permaneció hasta diciembre de 1810, cuando ya existía la primera República. A los siete meses creó el periódico La Bagatela, cuyos escritos provocaron la caída del entonces presidente Jorge Tadeo Lozano y su propia designación para reemplazarlo. Para entonces ya tenía 46 años y lo esperaban otros sucesos propios de su carácter republicano.
Entre 1812 y 1814 se vio forzado a librar la guerra civil de los tiempos de la llamada Patria Boba, pero en mayo de este último año cayó preso en el Cauca. De nuevo en manos de sus enemigos españoles, fue remitido otra vez a la cárcel de Cádiz. Allí permaneció hasta 1820, cuando la Revolución de Riego permitió su libertad. Volvió a Colombia a los 55 años y tuvo tiempo para apoyar la creación del Congreso de Cúcuta en 1821.
En la última etapa de su vida, de nuevo en el periodismo, protagonizó sonados debates con el entonces gobernante, Francisco de Paula Santander, y hasta logró salir airoso de un juicio en el Congreso por increíbles cargos como supuestamente entregarse a los españoles en 1814, malversación de fondos de la Corona e inhabilidad política por haber estado ausente del país en los últimos años. En diciembre de 1823, a los 58 años, falleció en Villa de Leyva.