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Una gran conquista de la humanidad, comparable a la presunción de inocencia y al concepto del Estado laico, es el método científico. El avance tecnológico, humanístico y filosófico en sus menos de cuatro siglos de existencia ha permitido crear un mundo mejor. Sin embargo, no es el único método para lograr nuevos conocimientos o avanzar en ellos. Rechazar los saberes que no siguen los protocolos del método científico llevaría a suprimir la herramienta más apropiada para el avance de la ciencia: la matemática.
La matemática no sigue el método científico, no somete a prueba experimental sus resultados. Utiliza el sistema deductivo, no pretende conocer verdades, solo busca la consistencia, la no contradicción de las deducciones que se desprenden de los sistemas de axiomas en que se fundamentan los resultados. No afirma, por ejemplo, que solo hay una geometría; acepta que hay diferentes geometrías, dependiendo de los principios axiomáticos que se asuman. Si no hay contradicción, no concluye que una geometría es superior a la otra o que es más verdadera, concepto este último en desuso. La creación matemática es una combinación de intuición, inspiración y estudio de resultados previos. La intuición y la inspiración no encajan en los protocolos exigidos por algunas comunidades científicas, que a veces recuerdan a las sociedades sacerdotales del antiguo Egipto o los tribunales de la Inquisición.
Hay al menos dos conceptos en matemáticas que no pueden ser objeto del método científico: el infinito y el cero. El universo es finito, por lo tanto, el número de partículas, las distancias, la energía también lo son; el infinito es una concepción de la mente y ningún experimento real o mental sirve para validar o no esta idea. El cero es una cantidad tan pequeña como se quiera; en física este concepto no existe: la menor longitud es la llamada longitud de Planck, que es increíblemente pequeña, millones de millones de veces menos que la longitud de un protón, pero un matemático puede dividir esta cifra en cantidades aún más pequeñas y ningún experimento puede probar o refutar este procedimiento. La teoría cuántica es hasta ahora la que mejor modela el mundo de las partículas elementales. En esta teoría el cero no tiene cabida: si a una partícula se le asigna velocidad cero, su posición puede estar en cualquier lugar del universo, es una consecuencia del principio de incertidumbre de Heisenberg. Al multiplicar la velocidad cero por la posición se obtiene cero, contradiciendo el principio de incertidumbre, que determina que un producto debe ser mayor que un múltiplo de la constante de Planck. No existe en la física un espacio que tenga energía cero o que esté desprovisto de cualquier interacción electromagnética o gravitatoria. El cero es un concepto mental no sujeto a la experimentación. Un matemático puede demostrar, utilizando los axiomas de la teoría de conjuntos, incluyendo el de elección, que si se divide una esfera de cierta manera estas partes pueden reunirse y formar dos esferas (paradoja de Banach-Tarski), violando la ley de conservación de energía, pero no las de la lógica.
Buena parte de la cosmología elude el método científico. Así, la teoría del Big Bang, que explica el universo como lo conocemos, no es susceptible a la experimentación. El proceso de la creación del cosmos no parece factible de recrearlo.