Computación de alto desempeño para la vida

La primera vez que se habló de la construcción en Colombia de un centro de bioinformática y biología computacional, fue en 2007, durante una visita a Cartagena de Bill Gates, cofundador de Microsoft. El concepto original para crear una instalación de este tipo en el país fue del mismo Gates, dice la historia.

Entre la primera idea y la puesta en marcha del proyecto pasaron cinco años, hasta 2012. Desde entonces, Bios, su nombre oficial, ha capturado titulares por sus proyectos innovadores en temas como tratamiento del síndrome del miembro fantasma mediante realidad aumentada o la posibilidad de que personas invidentes observen colores gracias a la traducción de la experiencia visual en sonidos, en vibraciones óseas.

Parte de la misión de Bios es utilizar big data y computación de altas prestaciones, entre otras herramientas, para producir soluciones en campos como la agricultura, el medio ambiente y la salud, cuenta Jorge Hernán Gómez, director del centro.

En el centro trabajan unas 50 personas, profesionales con estudios de posgrado en campos como matemáticas, física, biología, diseño gráfico e ingeniería, entre otros. Aquí, la conversación prontamente se torna abstracta y cargada de acrónimos y detalles técnicos. En últimas, esta es una institución entregada al poder de los datos.

Pero para todo lo intrincada que puede resultar la labor de este lugar, los proyectos que persigue el centro apuntan a tener aplicaciones prácticas en una variedad de industrias; iniciativas que, a su vez, se podrían traducir en servicios y productos para el consumidor final.

Una de las líneas en las que trabaja activamente la institución es una suerte de expedición botánica, pero de alta tecnología: se trata de recorrer el Eje Cafetero durante dos años para recolectar 1.000 especies vegetales para obtener finalmente las secuencias genéticas de estas plantas y así analizar qué potencial tienen para la industria farmacéutica o la de los cosméticos, por ejemplo. También se quiere encontrar formas de fortalecer genéticamente ciertas especies vulnerables a los efectos del cambio climático.

El viaje comenzó este año y, en la visión de Gómez, esta es la expedición piloto a nivel nacional, pues el proyecto podría replicarse en otras zonas de Colombia, un país con una amplia biodiversidad que, en su vasta mayoría, aún no ha sido explorada a fondo.

Las secuencias genéticas son analizadas en el supercomputador que conforma el corazón tecnológico de Bios: un cuarto de máquinas que, sumadas, ofrecen 6TB de memoria RAM, 270 TB de almacenamiento y una capacidad de procesamiento de varios tipos (CPU, GPU y VPU), que recientemente fue utilizada, por ejemplo, para modelar 162 proteínas en un estudio sobre leishmaniasis de la Universidad Antioquia: tres meses y medio de análisis en dos nodos del supercomputador, con un promedio de entre 50 y 90 horas de procesamiento por cada proteína.

Otro de los proyectos en los que trabaja Bios es construir el genoma del colombiano. “Queremos estudiar nuestro mapa genético para saber de dónde venimos, por qué nos enfermamos, qué es lo que nos hace ser como somos desde el punto de vista de los genes”, en palabras de Gómez.

Esta tarea ya empezó con el estudio de poblaciones del Chocó para ver cuál era su proveniencia, un rastreo que ha arrojado resultados que señalan hacia ciertos puntos en África. Este análisis en particular se hizo de la mano con la universidad Georgia Tech, en Estados Unidos.

Bios se encuentra formulando un proyecto, en conjunto con Coldeportes, para realizar este tipo de análisis genético en deportistas de alta competencia para averiguar qué les permite tener el desempeño físico que tienen.

Un poco en otro extremo de la ecuación, el centro busca también ser un aliado para el sector empresarial en temas de tecnología. Durante este año, la institución se dedicó a analizar cuáles son los sectores más innovadores del país y a entender cuáles son sus necesidades en materia de alta computación y biotecnología.

La investigación, que ya está lista en una primera etapa, asegura que los segmentos en los que hay más demanda de este tipo de servicios, y algunos de los que más invierten en innovación, son la industria farmacéutica, de alimentos, agroindustrial y de salud. Desde este punto, la idea es comenzar a formular proyectos para solucionar los problemas que las empresas puedan tener en términos de tecnología.

De cara al futuro, Bios quiere seguir consolidándose como el punto de referencia en biotecnología en Colombia: una especie de centro de ciencia que, con un pie firme en tecnología en innovación, produzca soluciones aplicables a la industria pero que, en últimas, le lleguen a la gente.

La primera vez que se habló de la construcción en Colombia de un centro de bioinformática y biología computacional, fue en 2007, durante una visita a Cartagena de Bill Gates, cofundador de Microsoft. El concepto original para crear una instalación de este tipo en el país fue del mismo Gates, dice la historia.

Entre la primera idea y la puesta en marcha del proyecto pasaron cinco años, hasta 2012. Desde entonces, Bios, su nombre oficial, ha capturado titulares por sus proyectos innovadores en temas como tratamiento del síndrome del miembro fantasma mediante realidad aumentada o la posibilidad de que personas invidentes observen colores gracias a la traducción de la experiencia visual en sonidos, en vibraciones óseas.

Parte de la misión de Bios es utilizar big data y computación de altas prestaciones, entre otras herramientas, para producir soluciones en campos como la agricultura, el medio ambiente y la salud, cuenta Jorge Hernán Gómez, director del centro.

En el centro trabajan unas 50 personas, profesionales con estudios de posgrado en campos como matemáticas, física, biología, diseño gráfico e ingeniería, entre otros. Aquí, la conversación prontamente se torna abstracta y cargada de acrónimos y detalles técnicos. En últimas, esta es una institución entregada al poder de los datos.

Pero para todo lo intrincada que puede resultar la labor de este lugar, los proyectos que persigue el centro apuntan a tener aplicaciones prácticas en una variedad de industrias; iniciativas que, a su vez, se podrían traducir en servicios y productos para el consumidor final.

Una de las líneas en las que trabaja activamente la institución es una suerte de expedición botánica, pero de alta tecnología: se trata de recorrer el Eje Cafetero durante dos años para recolectar 1.000 especies vegetales para obtener finalmente las secuencias genéticas de estas plantas y así analizar qué potencial tienen para la industria farmacéutica o la de los cosméticos, por ejemplo. También se quiere encontrar formas de fortalecer genéticamente ciertas especies vulnerables a los efectos del cambio climático.

El viaje comenzó este año y, en la visión de Gómez, esta es la expedición piloto a nivel nacional, pues el proyecto podría replicarse en otras zonas de Colombia, un país con una amplia biodiversidad que, en su vasta mayoría, aún no ha sido explorada a fondo.

Las secuencias genéticas son analizadas en el supercomputador que conforma el corazón tecnológico de Bios: un cuarto de máquinas que, sumadas, ofrecen 6TB de memoria RAM, 270 TB de almacenamiento y una capacidad de procesamiento de varios tipos (CPU, GPU y VPU), que recientemente fue utilizada, por ejemplo, para modelar 162 proteínas en un estudio sobre leishmaniasis de la Universidad Antioquia: tres meses y medio de análisis en dos nodos del supercomputador, con un promedio de entre 50 y 90 horas de procesamiento por cada proteína.

Otro de los proyectos en los que trabaja Bios es construir el genoma del colombiano. “Queremos estudiar nuestro mapa genético para saber de dónde venimos, por qué nos enfermamos, qué es lo que nos hace ser como somos desde el punto de vista de los genes”, en palabras de Gómez.

Esta tarea ya empezó con el estudio de poblaciones del Chocó para ver cuál era su proveniencia, un rastreo que ha arrojado resultados que señalan hacia ciertos puntos en África. Este análisis en particular se hizo de la mano con la universidad Georgia Tech, en Estados Unidos.

Bios se encuentra formulando un proyecto, en conjunto con Coldeportes, para realizar este tipo de análisis genético en deportistas de alta competencia para averiguar qué les permite tener el desempeño físico que tienen.

Un poco en otro extremo de la ecuación, el centro busca también ser un aliado para el sector empresarial en temas de tecnología. Durante este año, la institución se dedicó a analizar cuáles son los sectores más innovadores del país y a entender cuáles son sus necesidades en materia de alta computación y biotecnología.

La investigación, que ya está lista en una primera etapa, asegura que los segmentos en los que hay más demanda de este tipo de servicios, y algunos de los que más invierten en innovación, son la industria farmacéutica, de alimentos, agroindustrial y de salud. Desde este punto, la idea es comenzar a formular proyectos para solucionar los problemas que las empresas puedan tener en términos de tecnología.

De cara al futuro, Bios quiere seguir consolidándose como el punto de referencia en biotecnología en Colombia: una especie de centro de ciencia que, con un pie firme en tecnología en innovación, produzca soluciones aplicables a la industria pero que, en últimas, le lleguen a la gente.